Κάθε οικοσύστημα απειλείται από διαφόρους κινδύνους. Έτσι και το οικοσύστημα της Ακρόπολης. Πολλά ζώα και φυτά κινδυνεύουν από φυσικά φαινόμενα, όπως ας πούμε η όξινη βροχή και το φαινόμενο του θερμοκηπίου που μπορεί να οδηγήσει στη μείωση της ποικιλίας και της ποσότητας της χλωρίδας. Όσον αφορά την πανίδα της περιοχής της Ακρόπολης, αποτελούν σοβαρό κίνδυνο για αυτήν οι απότομες κλιματικές αλλαγές καθώς προκαλούν καταστρόφες στις τοπικές οικολογικές φωλιές και ασκούν επίδραση στις μεταναστεύσεις. Παρ'όλα αυτά, οι απότομες κλιματικές αλλαγές δεν συνηθίζονται στην συγκεκριμένη περιόχη, όπως και γενικότερα στην Αττική, γι'αυτό, το οικοσύστημα της Ακρόπολης δεν κινδυνεύει ιδιαίτερα. Απειλή,επίσης, αποτελούν οι άνθρωποι και το περιβάλλον που έχουν δημιουργήσει στη βιοποικιλότητα της Ακρόπολης: για παραδειγμα το καυσαέριο έχει αρνητικές επιπτώσεις στη χλωρίδα αλλά και στην πανίδα. Τέλος, τα σκουπίδια που πετάνε οι τουρίστες ,και όχι μόνο, στην περιοχή, μπορούν να προκαλέσουν προβλήματα στη ζωή και ανάπτυξη των ζώων και των φυτών.